Novel ini bermula dengan kepulangan Don Crisostomo Ibarra dari Madrid setelah selesai melanjutkan pelajaran. Ayah kepada Ibarra, Don Rafael, seorang yang kaya namun tidak disukai oleh pihak gereja, yang diketuai Pater Damasio, kerana Don Rafael tidak selalu menunjukkan ketaatannya pada pihak gereja. Maka apabila Don Rafael tersengaja menyebabkan kematian seorang penjahat, Pater Damasio bermati-matian ingin menghukup Don Rafael dengan berat sekali. Begitu besarnya kuasa gereja pada masa itu melebihi pentadbir, polis dan pegawai-pegawai lain.

Sistem pendidikan peribumi pada masa itu amatlah daif. Anak-anak kecil diwajibkan menghafal doa-doa dalam bahasa Latin yang tidak difahami; mereka dilarang mempelajari bahasa Sepanyol atau pelajaran lain. Disebabkan ini mereka sentiasa dihina dan dianggap bodoh dan malas oleh golongan Mestizo dan Sepanyo. Ibarra berhasrat untuk menukarkan situasi ini dan mengangkat bangsanya melalui pendidikan yang berkesan.

Kisah hidup Ibarra bertambah sulit apabila Pater Damasio cuba menghalang penikahan Ibarra dan Maria Clara, anak kepada Kapten Tiago yang kuat menyokong perjuangan Ibarra. Kapten Tiago diugut Pater Damasio, Maria Clara dipaksa menikahi kerabat Pater Damasio, dan Ibarra terpaksa berada dalam pelarian setelah dituduh sebagai pemberontak. Apakah yang akan terjadi? Mampukah Ibarra selamatkan diri? Adakah pemberontakan yang berlaku dapat ditewaskan? Bagaimana pula dengan nasib golongan peribumi yang ditindas oleh sistem kolonialisme Sepanyol?